Η Ιστορία του μοναστηριού μας χάνεται στα βάθη των αιώνων.
Είναι βεβαιωμένο από το ιερό βιβλίο των Πράξεων των Αποστόλων ότι η Βέροια και η ευρύτερη περιοχή της Ημαθίας δέχτηκε το ευαγγελικό κήρυγμα από τον ίδιο τον απόστολο Παύλο. Μετά από την πρώτη επίσκεψη του Αποστόλου των Εθνών, παρέμειναν στην πόλη μας οι άγιοι Σίλας και Τιμόθεος και συνέχισαν για λίγο τον ευαγγελισμό του λαού. Η ακρίβεια εξάλλου της διηγήσεως αλλά και οι γνώμες των ειδικών επιστημόνων βεβαιώνουν ότι πέρασε και ο απόστολος Λουκάς από την πόλη μας, ακολουθώντας κατά πόδας τον δάσκαλό του απόστολο Παύλο.
Την αλήθεια της παύλεις επίσκεψης στην Ημαθία γη την απορρόφησε η παράδοση και την μετάπλασε σε μά ωραία λαϊκή διήγηση.
Υπάρχει έντονα χαραγμένο στην λαϊκή ψυχή, σε ολόκληρη την περιοχή των Πιερίων, ότι φεύγοντας ο άγιος απόστολος από την Βέροια, έφτασε μέχρι κάποιο σημείο του Βερμίου όρους και εκεί δίψασε και προσευχόμενος, έκανε την γη να αναβλύσει δροσερό και πολύ νερό. Το σημείο αυτό είναι η Ζωοδόχος Πηγή, που βρίσκεται έξω από την Βέροια, στον παλαιό δρόμο Βέροιας-Κοζάνης. Από το σημείο εκείνο, ο Παύλος πέρασε απέναντι στα Πιέρια και άρχισε να κατεβαίνει προς την θάλασσα. Έφτασε μέχρι την Μεθώνη. Και από εκεί ανέβηκε στο πλοίο για την Αθήνα.
Στα Πιέρια, όπου σταματούσε να ξεκουραστεί έμπηγε στο χώμα το ξύλινο ραβδί του. Και σε όσα σημεία άφησε ο εθνοκήρυκας τη ράβδο του, αργότερα κάρπισε ο λόγος του αγίου Ευαγγελίου και φύτρωσαν τα μοναστήρια.
Ένα από τα μοναστήρια αυτά, που ξεφύτρωσαν από το ραβδί του αποστόλου Παύλου, είναι και το παρόν μοναστήρι, η Ιερά Μονή Τιμίου Προδρόμου των Πιερίων.
Αν και οι ρίζες του μοναχισμού αντλούν τους χυμούς τους από τα ζωηφόρα νάματα του αγίου ευαγγελίου, γενικότερα ο μοναχισμός οργανώθηκε κατά τόπους από μεγάλους πατέρες της Εκκλησίας μας. Στην Αίγυπτο από τον Μέγα Αντώνιο, στην Καππαδοκία από τον Μέγα Βασίλειο, στην Ήπειρο από τον Άγιο Διάδοχο επίσκοπο Φωτικής και σε άλλες περιοχές από άλλους αγίους πατέρες.
Μετά την μεγάλη περιπέτεια της Εκκλησίας, την περίοδο της Εικονομαχίας, που διήρκεσε σχεδόν δύο αιώνες, αρχίζει μία νέα σελίδα για την ιστορία του ορθοδόξου μοναχισμού. Την ίδια εποχή αρχίζει η ιστορία του μοναχισμού και στην περιοχή μας, τις ευλογημένες όχθες του Αλιάκμονα.
Εδώ έγινε μοναχός και ο άγιος Κλήμης, που αργότερα έγινε αρχιεπίσκοπος Αχρίδος
Εδώ έγινε μοναχός και ο όσιος Αντώνιος, ο πολιούχος της Βέροιας.
Ο άγιος Κλήμης έγινε μοναχός προς το τέλος του 9ου αιώνα, ενώ ο άγιος Αντώνιος έζησε τον 10ο αιώνα.
Φαίνεται λοιπόν ότι η Μονή του Προδρόμου είχε μεγάλη δράση στο μεγάλο ανακαινιστικό και εκπολιτιστικό πρόγραμμα του αγίου Φωτίου, του μεγάλου πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, τόσο στην ελλαδική χερσόνησο όσο και γενικότερα στα Βαλκάνια.
Κατά τον 14ο αιώνα, και πάλι η περιοχή μας μένει έρημος. Έτσι όταν έρχεται ο μεγάλος φωστήρας της Εκκλησίας, ο Άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς, από την Θεσσαλονίκη, βρίσκει στην περιοχή ασκητές, που ζούσαν στα σπήλαια, με μεγάλη άσκηση στην κακοπάθεια και στην νηστεία.
Σε ένα από τα ιερά αυτά σπήλαια εγκαταστάθηκε ο ίδιος ο Γρηγόριος ενώ στα γειτονικά σπήλαια εγκαταστάθηκαν οι υπόλοιποι μαθητές μου. Ανάμεσα στους μαθητές του βρίσκονταν και οι δύο μικρότεροι κατά σάρκα αδελφοί του, ο Μακάριος και ο Θεοδόσιος.Μάλιστα ο όσιος Θεοδόσιος εκοιμήθη εδώ, και μας κατέλιπε, θαμμένο κάπου εδώ, πολύτιμο θησαυρό το οσιακό του λείψανο.
Στα ίδια χρόνια, πέρασε από τον Άγιο Πρόδρομο και ο όσιος Αθανάσιος. Από εδώ γνώρισε και τον Άγιο Ιάκωβο, που ήταν μαθητής του οσίου Γρηγορίου του Σιναίτη και έγινε μητροπολίτης στα γειτονικά Σέρβια. Ο Αθανάσιος έζησε για λίγο εδώ, μαζί με τον Γέροντά του, τον πνευματικό του πατέρα, τον όσο Γρηγόριο τον Βυζάντιο. Φεύγοντας οι δυό τους από εδώ, εγκαταστάθηκαν στα Μετέωρα, στην Καλαμπάκα της Θεσσαλίας, και εκεί έχτισαν το μεγάλο Μετέωρα, το αφιερωμένο στην Μεταμόρφωση του Χριστού.
Τον 14ο επίσης αιώνα, πέρασε και ο όσιος Θεοδόσιος, μαθητής και αυτός του οσίου Γρηγορίου του Σιναίτη. Αυτός έμεινε για λίγον καιρό στην Θεσσαλονίκη, οπου έμαθε για την πνευματική ζωή της Σκήτης. Με το καράβι έφθασε στα Πιέρια, απόλαυσε την συναναστροφή με τους αγίους εδώ ασκητές, και, παίρνοντας πάλι το πλοίο, επέστρεψε στην Θεσσαλονίκη. Εν συνεχεία έφυγε για τα μέρη της Βουλγαρίας, όπου μετέφερε το νηπτικό και ησυχαστικό πνεύμα, σύμφωνα με την διδασκαλία του οσίου Γρηγορίου του Σιναίτη, και έχτισε μοναστήρι στο Κελιφάροβο, κοντά στο Τόρνοβο της Βουλγαρίας.
Κατά τον 16ο αιώνα, ήλθε και πάλι από το Άγιον Όρος, ο ηγούμενος της Μονής Φιλοθέου, Διονύσιος, εγκατέστησε εδώ το κοινοβιακό πολίτευμα και έχτισε το πρώτο καθολικό. Αργότερα, για να αποφύγει την απαίτηση των κατοίκων της Βεροίας που τον ήθελαν επίμονα για αρχιερέα τους, απομακρύνθηκε στα μέρη της Σουλπάτας, κοντά στο σημερινό χωριό Συκιά Πιερίων. Από εκεί έφυγε για τον Όλυμπο, όπου ίδρυσε την Μονή Αγίας Τριάδος, το σημερινό μοναστήρι που έχει το όνομά του. Συνεπώς για το μοναστήρι μας ο άγιος Διονύσιος θεωρείται κτίτορας, και φυσικά έτσι θα πρέπει να μνημονεύεται στις διάφορες λατρευτικές μας συνάξεις.
Φίλος και συνασκητής του οσίου Διονυσίου, ο όσιος Νικάνωρ ο Θεσσαλονικεύς. Ήταν τόσο μεγάλη η πνευματική φιλία των δύο αγίων ανδρών, ώστε ο Νικάνωρ άφησε εντολή στην διαθήκη του από εδώ να λαμβάνει τον ηγούμενο το δικό του μοναστήρι, στο Καλλίστραρον όρος, στην γνωστή Ζάβορδα, αν τυχόν στερείται ιερομονάχων.
Προς το τέλος του 16ου αιώνα, δρα στην περιοχή της Ημαθίας ο όσιος Θεοφάνης, ερχόμενος και αυτός από το Άγιον Όρος, από την Μονή Δοχειαρίου, της οποίας υπήρξε δομήτωρ και, για ένα διάστημα, ηγούμενος. Ο όσιος Θεοφάνης ίδρυσε εδώ μοναστήρι αφιερωμένο στην Παναγία την Σκητιώτισσα και έξω από την πόλη της Βέροιας γυνακείο μοναστήρι, αφιερωμένο στους Ασωμάτους αγίους αγγέλους, στους οποίους ήταν αφιερωμένο και το μναστήρι του Δοχειαρίου. Ίδρυσε επίσης περί το 1595 και άλλο μοναστήρι, πάλι των Ταξιαρχών, που σήμερα είναι γνωστό με το όνομα του οσίου, στο όρος Βέρμιο, έξω από την πόλη της Νάουσας. Μάλιστα, σύμφωνα με τις γνώμες των ερευνητών, αυτός συνέβαλε να συγκεντρωθούν πολλοί καταγόμενοι από τα Ιωάννινα και να συνοικιστεί η πόλη, η οποία από ευγνωμοσύνη τον τιμά ως πολιούχο της.
Όμως και ο άγιος Θεωνάς, αρχιεπίσκοπος Θεσσαλονίκης, θεωρείται πως έζησε σε σπήλαιο της περιοχής μας, ερχόμενος από το Άγιο Όρος και πριν χτίσει το μοναστήρι της αγίας Αναστασίας στα ανατολικά του όρους Χορτιάτη.
Κατά τον 18ο αιώνα, έμεινε στον Τίμιο Πρόδρομο, εδώ, ο μεγάλος άγιος των σκλάβων και των ραγιάδων Ρωμιών, ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός, περί το 1776. Έχοντας ως ορμητήριο το μοναστήρι μας, κήρυττε στα γύρω Χωριά των Πιερίων, όπου και μέχρι σήμερα θυμούνται το πέρασμά του και δείχνουν τον σταυρό ή το μέρος όπου στάθηκε και κήρυξε.
Τα ίδια χρόνια, συνδέθηκε με τους πατέρες και, είναι σχεδόν σίγουρο το ότι πέρασε από εδώ ο όσιος Αθανάσιος ο Πάριος, ο οποίος και επιμελήθηκε, συμπληρώνοντάς την, την αρχαία Ακολουθία του αγίου Κλήμη, του ομολογητού και ισαποστόλου, αρχιεπισκόπου Αχρίδος, του θαυματουργού.
Αυτοί οι Δώδεκα είναι οι γνωστοί μας άγιοι, προς το παρόν, που συνδέθηκαν με το μοναστήρι μας, περνώντας από εδώ και ζώντας για μικρότερο ή και μεγαλύτερο χρονικό διάστημα, υπό την προστασία των πτερύγων του όρχαμου των μοναζόντων, του αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Με την επανάσταση στη Νάουσα, ο εξωμότης και αρνησίχριστος Εμίν αγάς, ο θηριόγνωμος Λουμπούτ πασάς, για εκδίκηση, έκαψε όλα τα μοναστήρια στο όρος Βέρμιον αλλά και στα Πιέρια, σε όλη την παρακοίτια περιοχή.
Ο Τίμιος Πρόδρομος δεν ξέφυγε από την μανία του, αλλά οι άγιοι πατέρες της μονής μας είχαν καταφέρει, εγκαίρως, να κρύψουν τα κειμήλια και κυρίως τα τίμια λείψανα. Επιστρέφοντας, βρήκαν καμμένη γη, αλλά με πίστη στον Τίμιο Πρόδρομο και με την βοήθεια των αγίων λειψάνων, κατάφεραν, μέχρι το 1835, να ξαναχτίσουν τα καμμένα κτίρια, το καινούριο καθολικό και αρκετό μέρος από το τοιχόκαστρο. Τώρα όμως, τα καινούρια κτίρια δεν είναι διώροφα, αλλά έχουν μόνον ένα πάτωμα πάνω από το ισόγειο.
Η μορφή που έχει μέχρι σήμερα το μοναστήρι είναι αυτή του 1835. Μόνο την δεκαετία του 1960, κατασκευάστηκε, με τσιμέντο, ένα μέρος της ανατολικής πτέρυγας, όπου εγκαταστάθηκε το ηγουμενείο.